W tym szczególnym czasie Ojciec Święty pielgrzymował również do najważniejszych miejsc chrześcijaństwa: do Egiptu, na górę Synaj oraz do Ziemi Świętej, gdzie odwiedził górę Nebo, Betlejem, Jerozolimę, Górę Błogosławieństw, Nazaret. Spotykał się z przedstawicielami innych wyznań i wiar, wzywając do zachowania pokoju na tym szczególnie ważnym dla trzech religii monoteistycznych terenie. W Portugalii złożył pokłon u stóp Matki Bożej Fatimskiej, której cudowna figura sprowadzona została potem do Watykanu z okazji Jubileuszu Biskupów.
Mimo wielu zajęć i spotkań Papież nie zapomniał jubileuszach 50-lecia kapłaństwa swych przyjaciół i współpracowników, m.in. kard. Franciszka Macharskiego czy kard. Andrzeja Marii Deskura.
